导致玛雅人消失的主要原因有以下因素。
一、玛雅人人口增长过快，导致粮食短缺。
兴盛于热带丛林的玛雅人，其居住的面积本身就不大，为生存而修建的城池则更小。在玛雅文明高速发展的过程中，涌现了大量的人口，在鼎盛时期甚至超过了500万人。如此沉重的人口负担，在生产力低下的10世纪，必然会出现粮食短缺的问题。
当然了，玛雅人聪明勤劳，早就娴熟地掌握了红薯、木瓜、香蕉等农作物的种植技术。但这些毕竟只能算是副食品，丛林中不适宜大面积种植稻谷等。所以，粮食成为了压垮玛雅人的最后一根稻草。
当人口增长到极限时，玛雅人的头领必然会做出迁徙的决定。于是，繁荣的玛雅文明就此被遗弃了。
二、玛雅人发生了血腥的战争。
20世纪80年代，一支由多学科组成的考古队，深入危地马拉的热带雨林中，用了近6年的时间，对约200处玛雅文明遗址进行了详细的考查。最后他们得出结论：玛雅人消失于战争。
玛雅人崇尚神灵，他们创造的是一个神权的国度。从石碑上雕刻的图像，诸如美洲虎捧着人心、鹰撕开人的胸膛等画面，我们可以清晰地看出，玛雅人对神灵的崇拜和祈求，几乎达到了疯狂的程度。
他们大肆修建金字塔。不过，他们的金字塔和埃及的金字塔，有着不同的作用。玛雅人的金字塔主要用于祭祀，而祭祀所用的祭品除了粮食、牲畜外，还包括人，学者们曾在祭坛遗址上发现了密密麻麻用以祭祀的人头。
于是，玛雅部落间经常会爆发争夺祭祀用人的战争，这是一场场殊死的较量，败者往往成为祭品。随着祭祀活动的日渐频繁，战争也就成为了家常便饭，终于导致了整个部落的覆灭。
同时，玛雅人内部也存在战争。贵族之间经常会为争夺权力、美女、珠宝、土地而相互厮杀，导致人口的急剧减少。
三、玛雅人遭遇了惨烈的自然灾害。
玛雅人生活的地方是地震频发区，即便在现在，中美洲地区如墨西哥等地，也时有强震发生。同时，这些地区还时常遭遇台风和飓风的袭击。
频繁的自然灾害让玛雅人痛苦不堪。刚要收割的庄稼，在刹那间就被飓风一扫而光，千辛万苦建好的神庙又被不期而至的地震震垮。玛雅头领虽然频繁地催促大祭司祭神，但似乎作用不大。于是，他只好带领着全族人逃命而去，给后人留下一座座空城。
四、玛雅人消失于一场巨大的瘟疫。
由于人口过快增长，除了粮食紧缺外，还带来了糟糕的卫生环境和大量的病毒，一场史无前例的瘟疫悄然形成，并在人群中疯狂蔓延。
纵使玛雅人有着高度发达的文明，但在疾病和瘟疫面前，他们仍然束手无策。最为关键的是，受感染的不光是成人，连新生婴儿也难逃厄运。看着部落中的人大量地死去，玛雅头领只好带着族人另辟家园，向着雨林深处而去，希望能逃离这场瘟疫。
五、玛雅人所在地生态环境急剧恶化。
由于玛雅人耕种技术仍处在刀耕火种的阶段，他们需要大量的耕地，以满足不断增长的人口所需。因此，成片的森林被砍伐，众多的动物被猎杀，最终导致脆弱的生态系统遭到毁灭性的破坏。
加上常年的干旱不期而至，玛雅人原来生活的地方，已不适合人类居住，因此不得不举族迁徙。
六、被外星人劫走。
上述种种原因都或多或少存在证据不足，或者无法解释的问题。于是，又有人提出，玛雅人是被外星人劫走了。
在布兰科“铭文神殿”中，曾发现一个奇怪的皇家的坟墓，巨大的石棺里静静地躺着一位玛雅国王。这座超过5吨的石棺是用整块石灰石开凿而成的，面积足足有7平方米。石棺上雕刻着一些神秘的玛雅人图案，就像是一个个卷缩起来的宇航员。
人们由此推测，玛雅人在一夜之间神秘失踪，是被外星人召回去了。这也从一个侧面解释了玛雅人为何有如此精准的天文和历法知识。
当然，还有人猜测，所有的玛雅人在某一个时刻集体沉入了大海。
