齿亚纲：最古老的两栖动物，早期两栖动物的主干，生存于泥盆纪到白垩纪，其中包括爬行动物的祖先。壳椎亚纲：古老而特化的早期爬行动物，仅生存于石炭纪和二叠纪。
滑体亚纲：丛三叠纪延续到现代，包括所有现存的两栖动物，分为无足目、有尾目和无尾目。
无足目Apoda（蚓螈目Gymnophiona）：无足而形态习性均似蚯蚓的两栖动物，可能历史悠久，但是可靠的化石仅为新生代，现代分布于澳洲以外的热带地区。
吻蚓科Rhinatrematids：最原始的蚓螈，分布于南美洲。
鱼螈科Ichthyophiids：较原始的蚓螈，分布于亚洲热带地区，是中国仅有的蚓螈。
盲尾蚓科Uraeoptyphlidae：分布于印度，介于进步和原始的蚓螈之间。
蠕蚓科Scolecomorphids：分布于赤道非洲的进步的蚓螈。
真蚓科Caeciliidae：进步的蚓螈，是蚓螈目种类最多，分布最广的一科，分布于热带美洲、赤道非洲、印度和印度洋岛屿中。
盲游蚓科Typhlonectidae：唯一的水生蚓螈，分布于南美洲。
有尾目Caudata：终生有尾的两栖动物，幼体和成体区别不大，包括各种鲵和蝾螈，出现于侏罗纪，现在主要分布于北半球，特别是北美洲，其次是东亚和欧洲，可分为原始的隐鳃鲵亚目和进步的蝾螈亚目。
隐鳃鲵亚目Cryptobranchoidea：主要分布于东亚的原始的有尾两栖动物。
隐鳃鲵科Cryptobrachidae：2属3种，即北美的隐鳃鲵（美洲大鲵）和中国和日本各一种大鲵。
小鲵科Hynobiidae：8属30余种，包括小鲵、北鲵、山溪鲵等，主要分布于东亚，北可到北极圈，西到伊朗，我国种类特别丰富。
蝾螈亚目Salamandroidea：主要分布于北美洲的进步的有尾两栖动物，其中部分成员是高级类型还是原始类型尚不明确。
鳗螈科Sirenidae：特产于北美洲，身体细长，没有后肢。
两栖鲵科Amphiumidae：特产于北美洲，生体细长似鳗，四肢很小。
洞螈科Proteidae：包括欧洲的洞螈和北美洲的泥螈，终生有外鳃的水生两栖动物。
钝口螈科Ambystomatidae：特产于北美洲的穴居蝾螈，其中有些种类可终生保持幼体特征，生活于水中。
陆巨螈科Dicamptonidae：特产于北美洲的穴居蝾螈，与钝口螈比较相似。
无肺螈科Plethodontidae：有尾亚目中的最大一科，主要分布于北美洲，少数分布于欧洲和中南美洲，也是中南美洲仅有的有尾亚目。
蝾螈科Salamandridae：分布最广泛的有尾两栖动物，主要分布于欧亚大陆，也见于北非和北美。
无尾目Anura：包括各种蛙和蟾蜍，幼体和成体区别甚大，仅蝌蚪有尾。出现于三叠纪，现代绝大多数两栖动物均属此类，世界性分布，但在拉丁美洲最丰富，其次是非洲。无尾目可分为始蛙亚目和新蛙亚目，或进一步将始蛙亚目划分为始蛙亚目、负子蟾亚目和锄足蟾亚目。对于科的划分也有一些不同意见。
始蛙亚目Archaeobatrachia
滑跖蟾科Leiopelmatidae：最原始的无尾目，包括新西兰的滑跖蟾和北美洲的尾蟾，二者有时列为单独的科。
盘舌蟾科Discoglossidae：中国最原始的无尾目，包括铃蟾和盘舌蟾，二者有时列为单独的科。
负子蟾亚目Pipoidea：
负子蟾科Pipidae：原始的无尾目，包括南美洲的负子蟾和非洲的爪蟾。
异舌蟾科Rhinophrynidae：仅以墨西哥的异舌穴蟾为代表，有时被并入负子蟾科。
锄足蟾亚目Pelobatoidea
锄足蟾科Pelobatidae：包括锄足蟾和角蟾，二者有时列为单独的科，其中角蟾在我国特别丰富。
合附蟾科Pelodytidae：在欧洲和高加索地区各有一种，有时被并入锄足蟾科。
新蛙亚目Neobatrachia
细趾蟾科Leptodactylidae：两栖动物的最大一科，包括多种似蛙和蟾蜍的动物，分布于南美洲。
龟蟾科Myobatrachidae：分布于大洋洲，是细趾蟾在大洋洲对应的成员。
塞舌蛙科Sooglossidae：分布于塞舌尔群岛，分类地位不定，可能与龟蟾有一定亲缘关系。
沼蟾科Heleophrynidae：分布于非洲最南部，分类地位不定，可能与龟蟾有一定亲缘关系。
雨蛙科Hylidae：两栖动物的第二大科，分布广泛的树栖蛙类，多数分布于美洲，其次是大洋洲，其中大洋洲的成员有时单列为一科。
附蛙科Centrolenidae：拉丁美洲的小型树栖蛙类。
疣蛙科Allophrynidae：南美洲的小科。
短头蟾科Brachycephalidae：南美洲的小科，体型微小。
达尔文蛙科Rhinodermidae：南美洲的小科。
多指节蟾科Pseudidae：南美洲的小科，即著名的不合理蛙，蝌蚪要比成蛙大很多。
箭毒蛙科Dendrobatidae：拉丁美洲的小型蛙类，以毒性强烈著称。
蟾蜍科Bufonidae：分布广泛的大科，但不出现于澳洲、马达加斯加和一些大洋岛屿。
蛙科Ranidae：分布最广泛的两栖动物，几乎遍及各大洲，也出现在一些岛屿上，最北达到北极圈，而在澳洲则只出现在最北方。
树蛙科Rhacophoridaae：亚洲和非洲热带地区的树栖蛙类，形态习性接近雨蛙，但亲缘关系接近蛙科。
非洲树蛙科Hyperoliidae：非洲及附近岛屿的树栖和路栖蛙类。
节蛙科Arthroleptidae：非洲的蛙类，有时被并入蛙科。
姬蛙科Microhylidds：一大科分布广泛的小型蛙类，包括两栖动物中最多的属。