由于念青唐古拉峰地处大陆腹地，山脉的屏障作用阻挡了西北的寒流和印度洋的暖流，基本属于半干旱大陆性气候，年降水量在300-400毫米之间。
每年五月中旬至九月中旬是该地区雨季，这段时间集中了年降水量的80%-90%，雨季天气现象也很复杂，变化无常，一天中往往出现阵雨、冰雹、雷暴、闪电等天气现象。
山脉由西到东平均气温为0-8℃，7月均温10-18℃，1月零下10-0℃，年较差16-20℃，西部低于东部。
念青唐古拉山脉发育有冰川7080条，总面积达10701平方公里，在中国的几大山脉中冰川面积排名第二。念青唐古拉山脉西段的冰川属于亚大陆型冰川，而山脉东段却受印度洋西南季风影响显著，降水多，雪线海拔低，冰川分布集中，占了整条山脉冰川总面积的5/6，是中国最大的海洋型冰川集中地区，也是地球上中低纬地区最强的冰川作用中心之一。
念青唐古拉山脉是青藏高原主要山脉之一，它的主峰念青唐古拉峰海拔7162米。在西藏的传说和史料记载中，念青唐古拉山神是世间护法神中最重要的一位，同时他还被视为“十八掌雹神”之一和财宝守护神等，总之念青唐古拉山神是藏地尽人皆知的具大法力的神灵。在念青唐古拉山神的领地上，矗立着一座座五彩经幡，不停地向神明传达着世人的愿望，祈求着神明的庇佑
